Najważniejsze zmiany będą dotyczyć połączeń na odcinku Bielsko-Biała - Żywiec. Od 29 maja do 9 czerwca pomiędzy Bielskiem-Białą a Wilkowicami wprowadzony zostanie ruch jednotorowy bez możliwości krzyżowania się pociągów. Z tego względu za dwa pociągi na odcinku Żywiec - Bielsko-Biała Główna wprowadzona zostanie zastępcza komunikacja autobusowa. Będą to pociągi numer 94801 relacji Katowice (odj. 4:23) - Żywiec (przyj. 6:21) w dni robocze oraz numer 94856 relacji Żywiec (odj. 6:39) - Katowice (przyj. 8:28). Dodatkowo pociąg numer 94817 kursujący w weekendy w terminie 29 maja - 9 czerwca zostanie odwołany.

Ze względu na prace remontowe na linii S5 zmienią się również godziny kursowania niektórych pociągów na linii S4 (Tychy Lodowisko - Katowice - Sosnowiec Główny), S1 (Gliwice - Katowice - Częstochowa), S6 (Wisła Głębce - Katowice) i S7/S71 (Katowice - Rybnik - Racibórz/Wodzisław Śląski). Drobnym zmianom ulegną również godziny kursowania niektórych pociągów na linii S8 (Oświęcim - Katowice - Lubliniec). W tym przypadku przyczyną zmian jest wydłużenie prac remontowych na odcinku Nakło Śląskie - Tarnowskie Góry.